Вопреки требованиям, говорится в официальном сообщении Генпрокуратуры РФ, 249 сотрудников Федерального агентства по образованию в 2005-2006 годах не представили к установленному сроку сведения о доходах, имуществе и обязательствах имущественного характера, а также справки о соблюдении гражданином ограничений, связанных с замещением государственной должности Российской Федерации и государственной должности федеральной государственной службы.
Также в нарушение Закона в Федеральном агентстве по образованию не проводятся конкурсы по подбору граждан на государственную службу, что является нарушением права граждан на равный доступ к государственной службе и права на должностной рост на конкурсной основе. Несоблюдение требований о назначении на должности государственной гражданской службы по результатам конкурсного отбора привело к тому, что ряд госслужащих по образованию и стажу работы не соответствуют требованиям закона. Также в Федеральном агентстве по образованию не проводилась работа по аттестации служащих и не образована комиссия по служебным спорам.
По результатам проверки Генеральной прокуратурой Российской Федерации внесены представления руководителям Федерального агентства по образованию и Министерства образования и науки Российской Федерации, в которых предложено привлечь виновных к дисциплинарной ответственности.