В ходе расследования данного уголовного дела установлено, что проведение в городе Москва террористических акций спланировал лидер незаконного вооруженного формирования, действующего на территории Чеченской Республики, Шамиль Басаев. В ходе спецоперации по освобождению заложников уничтожены 40 террористов, из них 19 женщин.
27 апреля 2004 Московским городским судом был вынесен приговор, согласно которому Алихан Межиев приговорён к 22 годам лишения свободы, Ахяд Межиев - к 18 годам лишения свободы, Аслан Мурдалов - к 20 годам лишения свободы, Собралиев Хампаша - к 15 годам лишения свободы. А Хасханов признан невменяемым и направлен на принудительное лечение до выздоровления. Также было вынесено постановление о привлечении в качестве обвиняемых в отношении скрывшихся от следствия Дудаева и Закаева. Они объявлены в международный розыск. В отношении них выделено в отдельное производство уголовное дело и избрана мера пресечения в виде заключения под стражу.
Расследование данного уголовного дела продолжается, срок предварительного следствия был установлен до 19 ноября 2006. В настоящее время, как сообщили в Генпрокуратуре России, решается вопрос о его продлении до 19 февраля 2007 года.