Центральная экологическая зона Байкальской природной территории включает в себя озеро Байкал с островами, прилегающую к озеру Байкал водоохранную зону, а также особо охраняемые природные территории, прилегающие к озеру Байкал.
Буферная экологическая зона Байкальской природной территории - территория за пределами центральной экологической зоны, включающая в себя водосборную площадь озера Байкал.
Экологическая зона атмосферного влияния – территория вне водосборной площади озера Байкал, до 200 километров на запад и северо-запад от него. Здесь расположены хозяйственные объекты, деятельность которых оказывает негативное воздействие на уникальную экологическую систему озера Байкал.
Внешняя граница центральной экологической зоны Байкальской природной территории, как пояснили в Минприроде РФ, проходит по внешним границам Байкало-Ленскому, Баргузинскому и Байкальскому заповедникам, Прибайкальскому, Забайкальскому, Тункинскому национальным паркам, Фролихинскому, Прибайкальскому, Энхэлукскому, Снежинскому заказникам и главным водоразделам основных хребтов, окружающих озеро Байкал - Приморский, Байкальский, Верхне-Ангарский, Баргузинский, Голондинский, Улан-Бургасы, Морской, Хамар-Дабан.
Экологическое зонирование Байкальской природной территории осуществляется в целях сохранения уникальной экологической системы озера Байкал и предотвращения негативных воздействий хозяйственной и иной деятельности на ее состояние. В соответствии с распоряжением Минприроды России в течение трех месяцев разработает и утвердит единые образцы знаков для обозначения экологических зон Байкальской природной территории и их границ.